O Licenciamento Ambiental das obras da SPTrans inicia-se com a consulta preliminar ao órgão ambiental pertencente ao SISNAMA. No caso de intervenções efetivas ou potencialmente degradadoras ao meio ambiente, as competências para licenciar são da Secretaria do Verde e do Meio Ambiente (SVMA).
Para os empreendimentos localizados em Áreas de Proteção de Mananciais - APM e/ou Áreas de Proteção Permanente - APP é necessário consultar a Secretaria Estadual do Meio Ambiente - SMA.
Para essa fase de consulta são encaminhadas as principais características do empreendimento (Projeto Funcional). Quando necessária a obtenção de licença ambiental, é protocolado o Termo de Referência (TR), com as diretrizes orientadoras, conteúdo e abrangência do estudo como: Estudo de Viabilidade Ambiental (EVA), e/ou Estudo de Impacto Ambiental (EIA) e do Relatório de Impacto Ambiental (RIMA).
A emissão da Licença Ambiental Prévia (LAP) é precedida de aprovação do Estudo Ambiental e de Audiência Pública. A partir da comprovada viabilidade ambiental do empreendimento, e da elaboração do Projeto Básico, com o atendimento de exigências da LAP quando necessário é obtida a Licença Ambiental de Instalação (LAI).
Com a emissão da LAI e a elaboração do Projeto Executivo, atendendo as especificações constantes dos planos, programas e projetos aprovados, incluindo as medidas de controle ambiental e demais condicionantes da LAI, pode ser iniciada a obra.
A etapa final do processo de licenciamento ambiental é a obtenção da Licença Ambiental de Operação (LAO), solicitada após o encerramento das obras. Esse pedido é encaminhado ao DECONT/SVMA, com a cópia do projeto executivo, ou do "as built", se necessário e a comprovação de atendimento das exigências descritas na LAI, ou a justificativa para o não-cumprimento.
Após a emissão da LAO com prazo de validade e o atendimento das exigências definido, o empreendimento estará legalmente e ambientalmente licenciado. Quando o prazo de validade expira, é necessário renová-lo.